Trojan su sito

Chiedo un aiuto: ho beccato un troyan sul mio sito www.fanoaorno.org, il troyan si chiama: HTM:Iframe-fg[try].
Ho provato a scaricare il sito sul mio locale e a pulirlo con un anitvirus e un antitroyan poi a ricaricare il sito in altervista. Per un pò di tempo il sito funziona, dopo un paio di giorni torna ad essere invaso dal troyan.
Può essere che è stato infettato il database di altervista?
Come si sa a eliminare tutti i file presenti sul server in modo da essere sicuri di avere eliminato il troyan?

Dovresti verificare se la versione del CMS che usi è aggiornata. Questo genere di problemi normalmente nasce dallo sfruttamento di vulnerabilità di applicativi noti.