Domande sui frame sulle pagine con dominio di secondo livello

Ciao a tutti, ho acquistato qualche giorno fa un dominio di secondo livello ad http://x38x.net/
Ho inizialmente seguito la guida INDIRIZZO E TITOLO SEMPRE CORRETTI CON IL CLOAK, che non funzionava completamente (non ho capito il motivo, forse perchè ho creato il sito completamente in html?), quindi ho aggiunto <base target="_top"> nella home ed in questo modo ora i link funzionano in modo corretto (per ora ho creato solo 2 pagine giusto per testare come funzionava la cosa, in ogni pagina ho create un collegamento nella parte più sinistra della pagina che conducesse all'altra.
Comunque quello che volevo chiedere è se esisteva un modo per far sì che ad esempio la pagina http://x38x.net/index.php fosse visualizzata non come frame alla rispettiva pagina sul dominio di terzo livello ma invece come pagina "normale" (nel senso che se guardi la sorgente pagina si vede tutto il codice e non il frame.
Poi volevo chiedere, nel caso in cui questo frame non si potesse togliere, la cosa comprometterebbe l'indicizzazione su google? Ovvero google indicizzerebbe le pagine su dominio di secondo livello o quelle di terzo.
EDIT: Ho notato che diversi siti che hanno acquistato il dominio di secondo livello su altervista hanno raggiunto ciò che vorrei fare io, ovvero visualizzare in tutte le pagine il rispettivo indirizzo su dominio di secondo livello (nomedominio.com/cartella/file.htm) ma senza avere frame.