Domande, Consigli, Accorgimenti sui problemi dell'eccesso di file nelle cartelle.

Gentilissimo Staff di Altervista e Moderatori del forum, spero di non porre dei quesiti già trattati e di non violare l'etichetta del forum.
Sò che a prima vista il tema potrebbe essere già trattato ma ho domande delicate sulla questione, Vorrei sapere informazioni riguardo a delle cose che recentemente mi sono successe nel pannello di controllo del sito.
Io ho messo tutti i file del sito dentro una cartella, da qualche tempo a questa parte mi compare un avviso formato da un punto esclamativo dentro un triangolo giallo con una dicitura che dice: troppi file in questa cartella accedi via ftp o suddividi. Il mio sito è in espansione costante, e non posso suddividere in più cartelle perchè altrimenti non mi funziona (dato che dovrei portare file fondamentali dentro le cartelle che creerei e non è fattibile) le mie domande sono:

1)se io non avessi portato il sito dentro una cartella e quindi se lo avessi lasciato nel primo livello iniziale, questo problema sarebbe succeso?

2) esiste un modo per risolvere il problema?

3) Il problema è legato allo spazio occupato oppure è semplicemente dovuto al fatto che in una cartella più di tot file non possono starci?

Ringrazio anticipatamente lo staff e mi scuso nel caso avessi sbagliato sezione o avessi affrontato un tema già trattato