Se hai trovato file dei quali non ne conosci l'origine, probabilmente qualcuno conosce la password del tuo account o ha sfruttato una vulnerabilità del sito.
Il file ".ftpquota" è normale che ci sia.
Io attualmente visualizzo il sito così:
https://i.imgur.com/I3T3pM9m.png
Ti consiglierei quindi di scansionare tutti i tuoi dispositivi, quindi modificare la password dell'account.
Controlla poi che gli script non abbiano vulnerabilità, specialmente script di upload file, che ti consiglierei di rimuovere.
Ciao!