Mkportal: url saltati

Grazie a Darknico e Darkwolf sono riuscita a capire cosa non va nel mio sito, che a quanto pare esiste ancora all'indirizzo http://tommasofiore.altervista.org/phpBB2/ ma con tutti gli URL sballati: infatti non mi fa accedere alle varie pagine né come utente esterno né mi permette di effettuare il log-in...

Mi hanno detto di aggiornare il tutto con una nuova versione di mkportal e di phpBB3...volevo chiedervi... come faccio?
Semplicemente faccio l'upgrade delle risorse nel pannello di controllo per phpBB3, e poi mi scarico la versione aggiornata (e non semplicemente l'aggiornamento) di mkportal e faccio l'upload sovrascrivendo ciò che c'è già?

E in questo caso, il problema dei collegamenti saltati si risolve da solo aggiornando il sito, oppure devo prima mettere a posto quello, e soltanto dopo aggiornare il tutto?

Vi ringrazio per l'aiuto che riuscirete a darmi.