Le ultime versioni di Ubuntu permettono di creare un live su USB di modo che non sia in sola lettura ma anche in scrittura e sopratutto danno la possibilità di usare parte o tutto il disco per area dati personali. Se la tua idea e tenere il sistema Linux su disco esterno perchè non ti crei un live usb di questo tipo? non installa il grub e, con la tua configurazione, fa il boot da USB quando l'USB è inserita, altrimenti è come se non esistesse (ed in effetti è così dato che senza l'usb sul Pc non ve ne è traccia) e parte Windows.
A questo punto disinstalli grub e riabiliti il bootloader di windows.
Se non ho capito male puoi accedere a windows no?
avviato windows apri il CMD e digiti i seguenti codici in sequenza.
Codice:
fixmbr
fixboot
bootcfg
in questo modo dovresti eliminare grub riavere Windows dal normale boot e inserendo l'harddisk avere anche ubuntu live che però avrà tutte le funzionalità di ubuntu normale.