Non ho capito tanto, comunque:
La fopen la dovrai inserire DOPO aver "uploadato" il file, no? E quindi nella pagina GUID.php (dopo, appunto, il caricamento del file).
Non so come si fa (e se si può) far caricare "automaticamente" un file (se è questo che vuoi). Al massimo, (credo, ma non son capace) puoi impostare una directory "di default", nel senso che appena uno clicca su "carica file", gli si apre la finestra con selezionata una cartella cha vuoi (ripeto, non so se si può fare e io non son capace)
Dell'ultima frase, non ci ho capito tanto, comunque non puoi cancellare un file con JS, proprio perché questo viene eseguito sul computer del tuo visitatore; invece il file risiede sul server e quindi dovrai usare PHP {in particolare, come già detto, con la funzione unlink()}
Ciao!