[Gianluca]

Certamente, se vuoi mascherare /php5 nell path serve mod_rewrite e quindi il supporto .htaccess, ma è più una questione estetica che funzionale.
I files devono comunque essere inseriti nella cartella /php5

A scanso di equivoci, nel caso non fosse chiaro, la cartella /php5 non è riservata solo agli scripts, può contenere qualsiasi cosa, anche files html, immagini, sottocartelle ecc ecc...
Vi si può spostare dentro anche tutto il sito se una persona desidera avere il supporto php5 ovunque, è quindi da considerarsi una normalissima cartella come la root del proprio spazio.